Versuch einer "wissenschaftlichen" Erklärung:
Magie ist - for lack of a better term - "wasserlöslich". Steht man also nun in fließendem Wasser, so wird die Magie, die man versucht aufzubauen konstant weg gewaschen, und das angereicherte Wasser durch frisches Wasser ersetzt, was wieder neue Magie aufnehmen kann, es kommt also nie zu einer Sättigung, und die Magie wird komplett aufgenommen. Kleinere Mengen Wasser, wie z.B. Regen, können nur wenig Magie aufnehmen, und damit einen Zauber zwar schwächen, aber nicht komplett unschädlich machen. Ebenso sind stehende Gewässer zwar nicht sonderlich hilfreich, wenn es um Magie geht, aber um den Zaubernden herum wird irgendwann das Wasser mit Magie gesättigt sein. Allerdings ist in einem großen See (z.B. Lake Michigan) immer ein wenig Bewegung drin, und so viel Wasser kann natürlich auch eine Menge Magie aufnehmen, was das Zaubern nicht gerade einfacher macht.
Diese Eigenschaft des Wassers ist für gewöhnlich ungeordnet, also für die meisten Zauber kontraproduktiv. Wasserzauberer haben aber gelernt - bewusst oder unbewusst - diese Eigenart des Wassers für sich zu nutzen. Die Magie wird zwar immernoch vom Wasser aufgenommen, allerdings ist der Wassermagier in der Lage die im Wasser gelöste Magie zu ordnen. Ein wenig so, als würde von außen ein magnetfeld angelegt, und anstatt wild in alle Richtungen zu zeigen, richtet sich die Magie nun in gewünschten Bahnen aus, welche es ermöglichen Kontrolle auszuüben.
Zugegeben, man könnte auch sagen "it's magic", aber die Antwort finde ich immer ein wenig unbefriedigend. Gerade in einer Welt wie Dresden Files, wo die Magie doch relativ physikalisch anmutet.