Allgemein eignet sich das System imho sehr gut dafür. Je nachdem, auf was sich eure Kampagne fokussieren soll, würde ich ernsthaft darüber nachdenken, das Morality-System wegfallen zu lassen. Es ist zwar für "ernstere" Superheldengeschichten interessant (Watchmen wäre das Standard-Beispiel!), aber die cheesigen Geschichten um Moral, die das Genre im Normalfall bietet, klappen meiner Meinung nach ohne diese Einschränkungen besser.
Die Bücher sind kompatibel, aber ich würde an deiner Stelle keine Spiellinien wie Vampire und Co. verwenden. Die braucht man dafür echt gar nicht, ist bloß unnützer Regelballast. Superkräfte lassen sich einwandfrei mit Merits darstellen (vor allem, wenn man sozusagen ein paar Gratis-Punkte dazu gibt), im Buch Second Sight sind auch einige Vorschläge für "kleinkalibrige" Psi Kräfte à la Gedankenlesen und so. Wenn du unbedingt fertige Regeln für Superkräfte willst, würde ich die Monster-Kräfte aus Hunter the Vigil empfehlen (sind praktisch bloß Merits, keine wirklich neuen Regeln).
In dem Buch Mirrors stehen auch noch einige nützliche Tipps für Superheldencharaktere, je nachdem welche Art von Figuren man spielen will.
Eine weitere simple Regeloption für heldenhafte Charaktere wäre, ihnen in dem Skill-Bereich, den sie primär gelegt haben, einen Gratiserfolg für jede Probe mit den entsprechenden Skills zu gönnen. Dazu könnten sie mit einer entsprechenden Anzahl an Erfolgen auch Dinge schaffen, die ganz leicht über den Fähigkeiten eines normalen Menschen liegen. Mirrors hat btw auch die recht coolen Skill Tricks für sowas (wenn man es wieder regelfest haben will).