Der Hauptunterschied zwischen den drei Systemen ist glaube ich der angestrebte Spielstil. Den unterstützen sie jeweils mit einigen Regeln in denen sie sich eben doch unterscheiden.
Edge of the Empire dreht sich um den Abschaum der Star Wars Galaxie und die äußeren unzivilisierten Sektoren. Unterstützt wird das mit Regeln zu Obligations, also Kopfgeldern die auf die Charaktere ausgesetzt sind, Schulden bei Hutten, und ähnlichem. Mittels dieses Systems kann man wunderbar die Charaktere für eigene Dummheit bestrafen (ohne sie gleich umzubringen) und bei Bedarf auch mal eine Abwärtsspirale simulieren.
Bei Age of Rebellion geht es darum Rebellen zu spielen. Unterstützt wird das dadurch das es Regeln dazu gibt, wie angesehen man innerhalb der Allianz ist, und wie viel man schon geleistet hat.
Das dritte System dreht sich wohl um Jedis.
Innerhalb einer Kampagne würde ich schon entweder Obligations oder Duty nehmen, also die Besonderheiten eines Systems verwenden. Oder sich dafür entscheiden an einem bestimmten Punkt mit der ganzen Gruppe vom Obligations zu Duty zu wechseln. Das jeweils andere System bringt dann vor allem mehr Ausrüstung, NSCs, Raumschiffe und Charakterklassen. In so fern ist es dann doch wieder 100% kompatibel.
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Wenn man sich anguckt wie teuer die Würfel sind und wie günstig man teilweise die Einsteiger-Boxen bekommt sind die durchaus auch dann noch attraktiv, wenn man sich das Grundregelwerk eh kaufen möchte.