Mechanisches Klackern ist immer ganz schlecht (manchmal ist es aber auch etwas lapidares wie ein Kabel dass einen rotierenden Lüfter berührt), Aussetzer an sich nicht zwingend weil das ein reines Konfigurationsproblem* sein kann.
Hast du deine Platte schon einmal auf Fehler sowie den aktuellen SMART Status überprüft? Das kann man mit Windows Bordmitteln machen, aber es gibt sehr viele Freeware Tools die das schneller und besser erledigen (einfach mal auf Seiten wie chip.de in die Downloads reinschauen). Ich selbst nutze z.B. "HD Tune" für all das, zeigt dir nebenher auch noch Temperaturen an und hat einen Benchmark für Zugriffs- und Transfergeschwindigkeiten dabei. Defragmentierung mache ich danach mit "Disk Defrag".
Das von dir schon vorgeschlagene Backup ist auf jeden Fall sinnvoll, am besten auch als normale Routine und nicht erst wenn es Verdacht auf Probleme gibt
Eine Platte der man nicht mehr vertraut kann sicherlich noch als Backup- oder Zweitplatte im System dienen, nur wie viel bringt dass wirklich wenn sie tatsächlich irgendwo defekt ist? Ich würde mir das genau überlegen.
* ich vermute mal diese Aussetzer sind nicht von Anfang an da gewesen, oder? Gibt mal im Startmenü "msconfig" ein und klicke auf den Reiter "Systemstart". Da stehen wahrscheinlich sehr viele Einträge von Tools und Programmen drin, die man rausklicken kann (Adobe Update, Office Autostart, irgendwelche anderen Browsertools, etc.). Räume hier mal auf, starte neu, prüfe deine Platte auf Fehler, und schau dann mal ob das Problem der Aussetzer weiterhin besteht. Auch im BIOS kann man schauen ob es Probleme mit aktivierten Shadowing/Cache Optionen oder mehrfach belegten IRQs gibt, aber normalerweise betrifft das nichts was nicht schon von Anfang an da war.