Ja, das kann passieren.
Aber wenn die Schwierigkeit z.B. 10 ist und man einen +5 Bonus hat, dann macht es schon einen Unterschied - dann schafft man mit einem Wurf von 5 die Probe und mit einer 3 nicht. Der Portent-Wurf hat also einen Unterschied gemacht. Ebenso, wenn die Schwierigkeit 15 ist und man noch W8 Inspiration vom Gruppenbarden bekommt - da können 2 Punkt durchaus den Unterschied machen.
Der Punkt ist: Portent minimiert die Chance auf ein wirklich grütziges Ergebnis (entfernt es aber nicht völlig).
EDIT: ich würde aber trotzdem dazu tendieren, den Divination-Wizard hauszuregeln (besonders da seine Fähigkeiten auf der 6. und 10. Stufe eher suboptimal sind) - da kann ich auch gleich die Fähigkeit reinnehmen, ab einer bestimmten Stufe beide Würfel eines DisAdv-Wurfes durch einen Portent-Würfel zu ersetzen.