Ich habe nur die erste Staffel gesehen. Ich hatte nicht den Eindruck, dass ein Regelwerk da etwas besonderes leisten können müsste. Hier wurden schon jede Menge Möglichkeiten genannt, wobei ich eher ein System wählen würde, dass auch Normalos gut abbilden kann, also eher Savage Worlds als Marvel Heroic Roleplaying (dessen Stärke halt schon eher in den Comic-Superhelden wie den X-Men oder den Avengers liegt und jeder Menge Action). Gurps, Fuzion und sogar Basic Roleplaying sind auch alles gute Lösungen.
Unter den Superheldenrollenspielen würde ich da eher Valiant Universe RPG empfehlen. Das ist zwar eigentlich auch für over-the-top-Comicfiguren gedacht, aber ich denke, dass man damit auch gut Normalos bauen kann, wenn man möchte.
Meine grundlegende Empfehlung wäre aber eher, einfach ein System zu nehmen, mit dem man gut zurecht kommt, bei dem man weiß, wie sich Regeländerungen auswirken und dann einfach loszulegen. Man muss ja nicht schon im voraus eine riesige Konvertierung schreiben, sondern kann ganz gut die Probleme lösen, wie sie on the fly auftauchen. Es ist sicher einfacher, ein System anzupassen, das man bereits gut kennt als sich gleichzeitig in ein neues System einzuarbeiten, dass vielleicht eine etwas höhere Passung hat, das man aber trotzdem noch irgendwie anpassen kann.
Hölle, ich würde vielleicht sogar Shadowrun nehmen und Superkräfte einfach als Adeptenkräfte einbauen... Oder noch nicht mal das, wenn es Superkräfte nur für NPC gibt, würde ich die Superbösewichte einfach wie Critters behandeln und denen die Fähigkeiten geben, die sie haben sollen...