DFRPG mit Core wird schwierig. Ich würde vermutlich einfach DFRPG nehmen, aber mit den Aktionen und Ergebnissen aus Core arbeiten, anstatt mit denen aus DFRPG. Die Änderungen sind dann minimal, machen das Spiel aber deutlich spielbarer, und du hast weniger Probleme das Spiel mit Core kompatibel zu bekommen.
Wenn dir das nicht zusagt, würde ich die Skills wie bei Core verteilen, also die Standard Pyramide bauen lassen. Core ist an der Stelle wesentlich flexibler als DFRPG, 2 Charaktere mit gleich hohen Fertigkeitswerten könnten also verschieden stark sein, je nachdem in welches Setting sie gesetzt werden. Dann passen aber natürlich die Refresh nicht mehr, weil die Powers ja jede menge schlucken. 6 Refresh (3 Refresh + 3 Stunt Punkte) kommt aber mit 20 Skill Punkten hin, das sollte sich also einigermaßen die Waage halten, wenn du die Werte übernimmst.
Ansonsten bau doch einfach mal Charaktere mit X Skillpunkten und guck, wie die sich so verteilen.
Waffen und Rüstung (insbesondere Toughness) sind eigentlich ein großer Teil der Dresden Files, das wird also schwierig da ganz drauf verzichten. Allerdings mag ich, was Masters of Umdaar mit Waffen und Rüstung macht. Insbesondere Waffen sind da eigentlich immer "einmal pro Szene" Stunts, die dir dann irgendwelche besonderen Dinge erlauben oder einfach mehr Schaden machen. Aber eben nicht ständig. Da könntest du in jedem eine Lösung finden.