Je nachdem, wie sehr die Charaktere auf einer Seite stehen, kann man auch Machtkämpfe innerhalb dieser thematisieren. Es ist ja weiß Gott nicht so, dass die Dogmatik der Christen von Beginn an in Stein gemeißelt gewesen wäre. In welchem Jahr möchtest du denn spielen bzw. wie historisch möchtest du das aufziehen? Man kann ja durchaus reale Probleme einbeziehen.
Mithraskult und Druiden zusammenzuwerfen bereitet mir irgendwie Bauchschmerzen. Nach allem, was ich weiß, war der Mithraskult ein vor allem von römischen Soldaten begangener Mysterienkult. Mit Naturreligion hat das wenig zu tun. Aber ja, beim Spiel im Alten Rom sollte der Mithraskult eine Rolle spielen.
Zu den Atheisten würde ich auch solche zählen, die die Kulte einfach nur benutzen wollen, also egal, ob auf christlicher oder heidnischer Seite: Sie leugnen die Götter nicht, nehmen an den Kulthandlungen teil. Eigentlich möchten sie aber nur an die Macht und der Kult ist ein Mittel dazu. Offene Atheisten könnten sich eventuell auf griechische Philosophie berufen.
Das Judentum dürfte auch aufgrund seines Sonderstatus als dritte Partei nicht so interessant sein, da es im Zweifel vermutlich eher in einer defensiven Position steht. Spielerisch interessant wird es höchstens, wenn du zeitlich so weit gehst, dass es schon zu Übergriffen gegenüber Juden durch Christen kommen kann. Aber natürlich können Juden als Einzelpersonen eine gewichtige Rolle spielen, vielleicht auch als Vertreter im Bürgertum?
Cthuloide Kulte finde ich toll. An sich sprießen in der Antike doch die Mysterienkulte. Es wäre absolut glaubwürdig, dort auch die Anbetung dunkler Mächter unterzubringen. Diese können problemlos als alte ägyptische, itakische etc. Gottheiten integriert werden. Meine Güte, sogar indische Götter wären in einem Mysterienkult denkbar. Ansonsten wären weitere mögliche Mysterienkulte auf historischer Basis noch Isis- und Bacchuskult. Gerade der Bacchus-Kult scheint einigen Römern ein Dorn im Auge gewesen zu sein (Google mal nach "Bacchanalien").