Du kannst das auf verschiedene Arten machen.
Eine Sache, die Du immer bedenken solltest ist die: die Spieler werden von sich aus Ermittlungsvorschläge einbringen, mit denen Du nicht gerechnet hast. Dann lohnt es sich, einfach mitzugehen. Man kann dazu zum Beispiel eine Liste von Spuren vorbereiten, die lose/ungeplant verteilt werden, wenn die Spieler von sich aus auf eine unerwartete Idee kommen oder unerwartete Kontakte aktivieren.
Als nächstes kannst Du Dir einige Orte überlegen, wo die Charaktere wahrscheinlich nachforschen (ähnlich wie wenn Du ein Dungeon zeichnest). In diesen Orten versteckst Du Spuren. Um die spuren zu finden, muss man gewisse Herausforderungen bestehen (z.B. mit den richtigen Leuten reden, die richtigen Leute beeindrucken, verführen, bestechen, bedrohen; die richtigen Gegenstände durchsuchen, finden, reparieren, stehlen usw.
Ich habe da meistens auch eine Art von "Dreigliederung": minimaler Erfolg der Spieler = minimale Spuren; Guter Erfolg = gute Spuren; Sehr guter Erfolg = sehr gute Spuren.
Beliebte Orte sind z.B. zwielichte Kneipen, Schwarzmärkte, Glücksspielhallen, Holodecks, Drogenhäuser.... je mehr Spuren die Charaktere finden, desto mehr Orte mit weiterführenden Spuren werden ihnen genannt/bekannt (ähnlich wie wenn man im Dungeon eine Geheimtür findet, die Zugang zu neuen Orten öffnet).
An solchen Orten kannst Du auch gut die Kämpfe unterbringen. Die Betreiber einer Drogenhöhle mögen es z.B. garnicht, wenn irgendwelche Fremden da dumme Fragen nach einem Kunden stellen.
Als letztes würde ich mir ein oder zwei Oppositionsgruppen überlegen, die auch hinter der Zielperson her sind, und die die Spieler ausschalten müssen, oder denen sie zuvorkommen müssen. Bevor es einen Kampf mit diesen Oppositionsgruppen gibt, kann man ja auch ein gewaltloses Zusammentreffen spielen, in dem die Spieler sich ein paar Tricks ausdenken können, wie sie den anderen deren bisherige Ermittlungsergebnisse klauen können, ohne von ihren eigenen etwas Preis zu geben.
Das sind so ungefähr die Gedanken, die ich mir mache, wenn ich eine Ermittlungsstory überlege.