Ich gehe davon aus, die Idee, es einfach mit dem Tabletop oder Necromunda auszuspielen, hast du bereits ins Auge gefasst und für dich verworfen. In dem Fall kannst du entweder Jörgs Vorschlag benutzen und die Reign-Regeln adaptieren oder, was sich bei Makropolfights auch anbietet, nur den Mikrokosmos um die Chars herum ausspielen und den Rest der reinen SL-Willkür unterwerfen, je nachdem, worauf du und deine Gruppe die Spielschwerpunkte legen. Eleganter ist aber die Version mit den kollektiven Charakteren.
Wenn du sagst, zwei SCs sind eher unbeliebt im Sinne von gnadenlos, dann gehe ich davon aus, dass sie hochrangige Kommissare, Inquisitoren, Freihändler oder sowas sind, weshalb ich das Spiel sehr sensibel auf die Stimmung der eigenen Fraktion auslegen würde, das heißt, für deine Spieler sollte der Konflikt eher sein, die Moral der Truppe mit allen Mitteln aufrecht zu erhalten. Da Rückzug keine Option ist, heißt das: Wenn es ihnen nicht gelingt, dann ziehen sich die Truppen halt zurück, nachdem sich beim Stabsfeldwebel während der Reinigung der Ordonnanzwaffen versehentlich zwei Schuß gelöst haben...
Moral sollte das Stichwort sein, denn das ist das einzige, worin sich die gut trainierte imperiale Armee von den Gangern unterscheidet, schließlich ist sie eine Art Fremdenlegion, deren Mitglieder nichts zu verlieren haben.
Wenn die Schlacht in den Kuppel stattfindet, dann baue Strukturpunkte ein. Für jeden schweren Treffer, der bei den Attakcken der Kollektiv-Charaktere daneben geht, kassiert die Kuppel die Treffer; kommt genug zusammen, brechen Teile ein. Wenn deine SCs klug (,skrupellos und nicht von dieser Markopole) sind, nutzen diesen Trick, um die Ganger platt zu machen oder zu zerstreuen.